手術室凈化嚴格遵守潔、污分流原則，病人、醫生、無菌物品均為單向流，不允許逆向流，徹底解決潔污交叉問題。但隨著手術室數量增多，平面流向和設計會變得復雜。
在實際建設使用中，應綜合考慮潔凈度要求、建筑條件、消毒品管理、手術周轉效率、管理成本等因素來選擇最適合的布局方式。同時，手術室布局還需注意以下幾點：
1.手術室應設在安靜、清潔、便于和相關科室聯絡的位置。
2.手術室應嚴格劃分為限制區（無菌手術間）、半限制區（污染手術間）和非限制區，并合理設置各區用房。
3.墻面、天花板、門、窗、地面等建筑材料需滿足隔音、堅實、光滑、無空隙、放火、防濕、易清潔等要求。
4.設置完善的通風過濾除菌裝置，使空氣凈化。
