潔凈裝備工程空調冷熱源的設置應應遵循就近性、適用性、安全性、匹配性、經濟性原則。
空調冷熱源站房應靠近負荷中心設置，可降低輸送能耗，保證供水溫度，也便于水力平衡。空調冷熱源供應設備的裝機容量要滿足末端空氣處理設備冷熱量的需求。為了提高潔凈空調在極端天氣的保障性，并考慮換熱器內部堵塞、水系統冷量和熱量損失、風系統氣密性和能量損失、末端空氣處理裝置因積塵引起的效率下降及設備性能隨使用年限衰減等因素，潔凈空調冷熱源供應設備的裝機容量宜在設計負荷的基礎上考慮不超過10%的富余量。
潔凈工程設置冷熱源時，設備一般不少于2臺。當空調冷熱源設備在一臺出現故障的情況下，剩余冷熱源設備應保障基本供冷（熱）量的要求，一般認為不低于設計冷（熱）量的75%，相對比較安全。潔凈工程的供冷時間一般都比醫院其他區域長，大樓冷源應能滿足延長和提前供冷的需求。過渡季冷源可以和大樓共用夏季冷源，但要滿足潔凈空調使用的實際需求。冬季需要制冷時，冷機應滿足冬季低溫天氣開機的要求。
冷熱源供應設備的工作時間要和末端設備運行的時間、運行周期匹配。設置冷熱源時，應滿足白天高峰時刻和夜間低谷時刻的使用要求。當不同時間段、不同區域負荷要求相差較大時候，應合理選擇冷熱源結合的形式，滿足潔凈裝配工程不同時刻的使用需求。
冷熱源供應設備的選擇應綜合考慮初投資的成本、投入使用后的運行成本和維護成本。
（1）首先要比較冷熱源設備本身的初投資成本。
（2）要考慮冷熱源設備配套設施的初投資成本，這些配套設施包括：建筑的投資（機房占用面積成本）、配電線纜和配電設備的成本、配套管道的成本、配套冷卻塔設備的成本等。
（3）要綜合計算冷熱源設備投入使用后的運行成本和維護成本。其中運行成本主要包括冷水機組、風冷熱泵、水泵、冷卻塔等設備的耗電量，燃油、燃氣等其他能源可按能源品位折算成等效耗電量。通過計算凈化區域單位面積空調能耗指標，可對潔凈裝備工程空調冷熱源的節能性進行評價。
