材料的選擇直接決定了潔凈室的性能和壽命。
圍護結構（墻、頂、地）：
墻面：首選金屬夾芯板（如巖棉、硫氧鎂、鋁蜂窩芯），其特點是表面光滑、不起塵、耐腐蝕、易清潔、氣密性好。避免使用普通石膏板或涂料。
吊頂：必須承載高效過濾器FFU/送風口、燈具等，要求強度高、密封性好。同樣采用金屬吊頂板。
地面：常用PVC卷材地板或環氧樹脂/聚氨酯自流平。要求耐磨、耐腐蝕、抗靜電、無縫隙、易清潔。
特殊設計：
陰陽角處理：所有墻與墻、墻與地、墻與頂的交接處均應做成圓弧角（R角），避免死角，便于清潔。
門窗：潔凈室門窗應具有良好的氣密性，不應使用木制品。窗戶通常采用雙層玻璃固定窗或密閉性好的平開窗。門框與墻體的接縫處必須密封處理。
